| 1. 肺癌EGFR稀有突变检测试剂盒的研制 | | 肺癌的发病率和死亡率一直居于各类肿瘤之首。非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）约占肺癌总数的87%。化疗、放疗虽然是治疗肺癌的传统手段，不过病人的生活质量不一定有所改善。靶向治疗药物的出现给一些病人带来了希望。目前针对非小细胞肺癌的靶向治疗药物主要有两类，一类是酪氨酸激酶抑制剂, 另一类是单克隆抗体类。吉非替尼是最早进入临床研究并获准上市的酪氨酸激酶抑制剂。研究表明，病人对吉非替尼的敏感性与否与EGFR基因的突变情况息息相关 。因此，检测EGFR稀有突变至关重要。目前已有EGFR稀有突变检测方法包括Sanger测序，焦磷酸测序以及ARMS技术（DxS试剂盒），但这些方法的选择性都不高（均低于1%），均不能满足稀有突变的检测要求。本实验室发展了一种多重实时定量的双PAP（焦磷酸水解激活的聚合酶反应）技术，不仅具有高选择性（高达0.01%），而且具有多重和精确定量的能力，这一简单，快速，低成本的稀有突变检测技术必将最终应用于无创检测中。 | | | 2. 结直肠癌K-ras稀有突变检测试剂盒的研制 | | 全球每年大约有100万新发结直肠癌病例，占所有肿瘤的10-15%。靶向治疗药物西妥昔单抗的出现给一些病人带来了希望，但已有研究表明，含有K-ras稀有突变的病人表现出对靶向治疗药物西妥昔单抗耐药。因此，检测K-ras稀有突变意义重大。本检测试剂以实时PCR技术为平台，结合探针熔解曲线技术，实现了一条探针的多突变检测。第一代K-ras基因突变检测试剂以探针融解曲线技术为基础，实现了该基因7种突变类型（第12位密码子G12S, G12R,G12C,G12D,G12A,及第13位G13D）的一管同时检测。检测灵敏度达5%。第二代K-ras基因突变检测试剂将探针融解曲线与ARMS技术相结合，7管检测，将检测灵敏度提高至1%。可用于新鲜组织，冷冻组织，石蜡包埋组织等标本类型的检测。 | | | 3. 乳腺癌21个基因表达水平检测试剂盒研制 | | 乳腺癌是妇女一种多发性恶性肿瘤。大量临床实验如NSABP(National Surgical Adjuvant Breast and Bowel Project) B-14和B-20研究证明对于淋巴结阴性、ER受体阳性的乳腺癌病人可以从他莫昔芬治疗和辅助化疗中获益。但是实际上外科手术切除后单用他莫昔芬治疗（未接受辅助化疗）的乳腺癌病人十年复发率仅为15%，如果对所有病人都采用术后辅助化疗将意味着85%的病人正接受着过度治疗。目前由于缺乏有效的复发转移低风险病例筛选手段，原发性乳腺癌系统性治疗仍存在严重过度治疗。2004年美国Genomic Health公司在新英格兰医学杂志上公布，乳腺癌复发风险与16个癌症相关基因（ER, PR, HER2, Ki67，BCL2, SCUBE2, GRB7, STK15, CCNB1, SURV, MYBL2, MMP11,BAG1, CD68, GSTM1,CTSL2）的表达水平有关，通过测定这些基因的表达水平可以将病人划分为高，中，低三种复发风险组。从病人对他莫昔芬和化疗的受益程度，专家估计通过复发风险的评估来指导临床治疗方案的制定可以将平均生存率提高至8.6年，而总治疗费用将会降低202，828美元。本检测试剂以此为基础，采用多重实时RT-PCR技术对这16个基因的表达水平进行定量，并筛选出5个管家基因(β-actin，GAPDH,RPLPO, GUS,TFRC)作为参照基因。本检测试剂将21基因分布在6管中检测，每一管中包含一个参照基因和3-4个癌症相关基因。HAND (Homo-tag Assisted Non-Dimer)系统的引入实现了多重定量检测中各基因间扩增效率的一致性，不仅提高了检测灵敏度，减少了管间差，消除了假阴性，使定量更加精确，而且减少了检测次数，节约了标本量以及减少人力和试剂的消耗，降低了成本，适合多数人群的使用。另外，该检测体系以新鲜组织标本和FFPE标本中提取的RNA 为检测对象，标本采集要求与常规免疫组化检测对标本的要求一致，该检测试剂适用于临床常规组织标本采集和处理要求。 | | | 4. 白血病32种融合基因的快速筛查 | | 本项目采用实时荧光PCR结合HAND (Homo-tag Assisted Non-Dimer)系统针对白血病的32种融合基因进行多重检测。涉及的融合基因包括：MLL/AF4、MLL/AF9、MLL/ENL、MLL/AF6、MLL/AF10、MLL/ELL、MLL/AF17、MLL/SEPT6、MLL/AF1q、MLL/AF1p、AML1/ETO、AML1/EAP、AML1/MDS1/EVI1、AML1/MTG16、PML/RARA、PLZF/RARA、NPM/RARA、NPM/MLF、CBFB/MYH11、TEL/AML1、E2A/PBX1、E2A/HLF、SIL/TAL1、TLS/ERG、DEK/CAN、SET/CAN、TEL/PDGFRB、TEL/PDGFRA、TEL/ABL、BCR/ABL、BCR/PDGFRA、FIP1L1/PFGFRA，分4管进行筛查。本项目开发的检测体系具有准确、快速、灵敏度高、特异性高的优点。一旦病人检测为阳性，则可利用检出的融合基因进行靶向治疗、预后判断或用作微小残留病检测的靶标，从而进行病情监控。 | | | 5. B-raf突变检测试剂盒研制 | B-raf基因是RAF家族的成员之一，它编码一种丝/苏氨酸特异性激酶(a serine/ thero nine-specific kinases)，是RAS/RAF/MEK/ERK/MAPK通路的重要的转导因子，参与调控细胞内多种生物学事件，如细胞生长、分化和凋亡等。最近的研究表明，BRAF肿瘤基因突变可见于一些人体恶性肿瘤。多数文献报道，结直肠癌中B-raf突变率在15%左右，且90%以上为V600E突变，并与K- ras突变负相关。近年来的研究表明，BRAF基因突变因子在临床上具有重要的预测意义和预后意义，含有B-raf突变的病人无法从针对EGFR的靶向药物治疗中受益，且发生B-raf突变的病人预后较差。
本研究针对BRAF V600E突变建立了探针熔解曲线与ARMS相结合的分析体系。检测灵敏度达0.1%。可用于新鲜组织，冷冻组织，石蜡包埋组织等标本类型的检测。 | |
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