分子诊断教育部工程研究中心（厦门大学）建于2009年，是国内高校唯一专门从事分子诊断技术研发和转化的部级研发基地。“中心”以分子诊断为主线，重点围绕分子诊断标志物及靶标研究、分子诊断试剂的研发、分子诊断基础试剂及相关设备的研发、临床分子诊断技术服务四个方向开展工程化研发。在教育部和厦门大学的支持下，“中心”已形成从事分子诊断研究的雄厚实力，具备完善的人员结构、科研服务管理能力、技术平台和仪器条件，在临床适宜的分子诊断技术领域形成系列化、多层次的专利技术，其中的核酸变异检测技术获2017年厦门市知识产权局颁发的唯一一项发明特等奖和2019年福建省专利奖一等奖。中心积极开展传染病、遗传病、肿瘤系列分子诊断试剂的成果转化和产业化，主持申报新医疗器械注册证书30余项（获颁20项）。其中耐药结核系列检测试剂在研发过程、获得官方注册以及多中心验证完成三个阶段都被国际专业网站GenomeWeb追踪报道，相关产品被连续收录于UNIT AID发布的《结核病诊断技术和市场蓝图》报告，并于2017年1月14日入选《健康报》评选的“2016年度中国十大医学科技新闻”。